Sydney Bristow (J.Garner), üniversitenin ilk yılında CIA’in gizli kolu olduğuna inandığı SD-6 isimli bir örgütte çalışmaya başlar. Ancak SD-6’nın aslında devlete düşman olan ülkeler ve gruplar için çalışan bir anti-devlet örgütü olduğunu öğrenir. Sydney bu örgütü alt edebilmek ve intikam alabilmek amacıyla CIA ile çalışmaya başlar. O artık çift taraflı bir ajandır. Sydney, bir yandan esrarlı yaşam tarzını arkadaşlarından gizlemeye çalışırken, diğer yandan da türlü rakip ajanlarla, terörist gruplarla ve hainlerle savaşacaktır.