Pizzasever kaplumbağalar bu maceralarında 17. yüzyıldalar. Çizgi roman sayfalarından beyazperdeye transfer olan dört dost kaplumbağa; Leonardo, Donatello, Raphael ve Michelangelo bu kez zamanda bir yolculuğa çıkıyorlar. Onlar 17. yüzyıl Japonya’sına giderken, o devirde yaşayan dört samuray da günümüze geliyor. Kaplumbağalar, feodal Japonya’da kendilerini iki hanedan arasındaki iktidar savaşında buluyorlar ve tabii ki iyilerin yanında yer alıyorlar.